Origem do HIV e de outras pandemias

[Kin2010]

Como temos tido algumas discussões sobre a origem do SARS-CoV-2, aqui inicio um tópico sobre os temas das origens do HIV e de outros patogenes pandémicos.

Começo por descrever aqui o meu trabalho sobre este tema, aplicado ao HIV. O primeiro artigo que publiquei foi este, em 2010, no PLoS ONE:
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0009936

O trabalho foi quase todo meu, e por isso fui 1º autor e, além disso, corresponding authour (geralmente este último é reservado para o professor chefe da equipa).

O meu ponto de partida é que o vírus passou inúmeras vezes de macacos e chimpanzés para humanos, através das práticas de caça e manuseamento da bushmeat. Além disso a versão pandémica (HIV-1 grupo M) parece ter-se iniciado há ~100 anos na África Central. Isso não são descobertas minhas, a grande maioria dos especialistas desta área já tinha aceite estas duas coisas antes do meu artigo.

O que eu acrescento é que isso só não chega para o vírus se adaptar a humanos. No caso do HIV existe evidência de que ele só muito dificilmente se adapta a humanos (depois eu posso descrever essa evidência). Eu proponho um mecanismo: transmissão serial entre humanos ajudado por doenças chamadas GUD - genital ulcer diseases. Isto são doenças sexualmente transmissíveis (STDs) como a sífilis, a chancroid, e outras, que causam úlceras genitais. Na presença destas úlceras, a probablidade de transmissão do HIV fica enormemente aumentada, pode ser aí 100 vezes mais. Eu obtive evidência de que havia uma epidemia de GUD muito intensa nessa época (~1900-1930) e proponho que isso ajudou à transmissão serial e daí à adaptação.

[Kin2010]

Depois desse paper de 2010, publiquei outros 3 também sobre a Origem do HIV, em todos eles sendo eu 1º autor e corresponding authour. Em todos eles produzi a grande maior parte do trabalho e os meus co-autores, vários deles professores (coisa que eu não sou) reconheceram isso. Estes estudos apresentam hipóteses adicionais.

Um em 2012 no Viruses:
https://www.mdpi.com/1999-4915/4/10/1950

Um em 2016 no PLoS ONE:
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0166805

Um em 2017 no Future Virology:
https://www.futuremedicine.com/doi/full/10.2217/fvl-2017-0042

Cada um destes papers tem dados e argumentos muito giros também e eu estou sempre pronto para os discutir. Noutros posts poderei acrescentar mais sobre eles.

[Kin2010]

Além disso, publiquei vários outros papers em co-autoria, sendo eu autor "do meio". O mais importante destes foi este paper na Science, em 2014.

https://science.sciencemag.org/content/346/6205/56

Mas aqui a maior parte do trabalho foi do Nuno Faria e do Philippe Lemey. Eu dei um contributo mais limitado.

Todos os artigos que eu menciono aqui podem ser lidos online, uma vez que estão em regime de Open Access. É fácil também obter versões em PDF e gravar.

Em todos estes artigos e em muitos mais publicados sobre a origem do HIV, admite-se que a bushmeat foi o factor que permitiu a transmissão entre espécies (cross species transmission, CST). Mas há uma imensa maioria de CSTs que dão origem a vírus pouco adaptados. Os processos que lhes permitem adaptar-se, aí é que está a diferença entre teorias. Sobre a minha já disse lá acima o que é que proponho, mas há outras. Por exemplo, as injecções dadas com seringas não esterilizadas (unsafe injections ou unsterile injections) podem também ter contribuído para a transmissão serial e adaptação (e há bastantes papers sobre essa hipótese).

Só muito poucos acreditam que a transmissão inicial não veio da bushmeat. Um dos mais destacados é o Edward Hooper que vem defendendo desde há 20 anos que a origem é iatrogénica (causada pela actividade médica), nomeadamente por vacinas contra a poliomielite feitas nos anos 50 que, de acordo com ele, estariam contaminadas em laboratório por terem contactado tecidos de chimpanzé. Aqui está o link para o site do Hooper:
http://www.aidsorigins.com/

Esta teoria do Hooper (que tem antecessores) está convincentemente refutada.

[kitano]

Parabéns pelo trabalho e obrigado pela partilha

[Reg]

resumindo falta fazer mesmo para virus chines

e fazer calculos com teorias matematica junto

eu nao gosto e do titulo estar assumir virus sao todos iguais Origem do HIV e de outras pandemias

[D. Antunes]

Parabéns pelos trabalhos!

[Zenith]

Embora a minha formação não me permita entender totalmente os artigos obg pela partilha.

[Counter Retail Trader]

agora ja dao importancia á gripe suina , se essa treta chega cá...a juntar com o covid... sera algo devastador..

[pedras11]

Obrigado pela partilha e parabéns pelos artigos KIN.

[Kin2010]

Agradecendo desde já as duas opiniões, coloco aqui um mapa das regiões envolvidas na origem do HIV. De 3 grupos epidémicos: HIV-1 group M, HIV-2 group A e HIV-2 group B. Os círculos indicam os locais onde foram encontrados SIV em chimpanzés e em macacos (sooty mangabey) mais geneticamente parecidos com eles. Depreende-se que as respectivas CSTs aconteceram nesses lugares. No entanto, os locais onde os vírus se começaram a propagar na população humana mais fortemente foram algo afastados dos locais das CSTs.

[Kin2010]

Aqui estão exemplos de mercados de bushmeat. O maior perigo de infecção dos humanos pelo SIV não é ingerirem a carne mas sim cortarem-se enquanto estão a cortar a carne nos mercados, ou serem mordidos ou arranhados pelo animal durante a caça.

[Kin2010]

Outra sugestiva.

[Kin2010]

Agora, como é que se conseguiu saber os locais das CSTs? Isso foi um esforço massivo, de equipas lideradas por Martine Peeters, Paul Sharp, Beatrice Hahn, e outros, em que foram lá às regiões críticas de África e recolheram muitos milhares de amostras de fezes de primatas, de muitas dezenas de locais diferentes e sequenciaram os vírus SIV (e outros, como o STLV, SFV, etc) lá presentes, e depois compararam em análises filogenéticas. Este esforço teve um funding associado enorme para o que é comum nestes estudos (eu e a minha equipa, pelo contrário, pouco funding tivemos).

Nestes mapas podem ver os locais onde foram recolher fezes de chimpanzé e gorila. A amarelo os locais onde foi encontrado SIV e a branco onde não foi encontrado.

[Kin2010]

Com os dados recolhidos nessas buscas massivas construíram-se árvores filogenéticas. Aqui mostro uma, com os HIV-1 conhecidos: grupo M (o pandémico) e grupos N, O, P. Como a árvore mostra, o HIV-1 grupo M é mais geneticamente próximo dos SIVcpz (chimpanzé) dos locais MB e LB. Vocês podem identificar esses dois locais no mapa A do post anterior.

O HIV-1 grupo N assemelha-se mais ao SIVcpz do local EK. O HIV-1 grupo P assemelha-se mais ao SIVgor (gorila). As pessoas nestas regiões rurais caçam chimpanzés e gorilas desde há milénios. Cruzando as árvores filogenéticas com os mapas podemos saber os locais aproximados onde aconteceram as CSTs.

[Kin2010]

Estas árvores phylo são feitas em 2011, agora já há mais dados. Nomeadamente, sabe-se que os grupos O e P vieram do gorila e sabe-se as localizações aproximadas. os grupos M e N vieram do chimpanzé (Pan troglodytes troglodytes). Todas as CST ocorreram nos Camarões. No entanto, o HIV-1 pandémico começou a propagar-se epidemicamente no Congo Belga e não nos Camarões. Os grupos N, O e P estão praticamente circunscritos ainda aos Camarões.

[Local]

parabéns pelo trabalho e obrigado pela partilha.

[vdap]

Mutio Bom. Parabéns.

[vbm]

E em Angola? Não há contágios?
Sendo os vírus, códigos genéticos,
não será possível inocular-lhes
síndromas de suicídio?

[Kin2010]

E em Angola? Não há contágios?
Sendo os vírus, códigos genéticos,
não será possível inocular-lhes
síndromas de suicídio?

Em Angola há muito HIV. Mas aqueles mapas dizem respeito aos SIV encontrados em fezes de chimpanzés e gorilas. E não existem esses primatas em Angola, a não ser no enclave de Cabinda.

E não, não é possível programar vírus para se suicidarem.

[Bs]

muito interessante. Obrigado