Origem do HIV e de outras pandemias

[Smog]

o esforço cientifico é notável. há que descartar uma origem natural antes de qq teoria da conspiração. mas... então os chimpanzés estão nos camarões e a coisa propaga-se no zaire? Não faz sentido.

[Kin2010]

o esforço cientifico é notável. há que descartar uma origem natural antes de qq teoria da conspiração. mas... então os chimpanzés estão nos camarões e a coisa propaga-se no zaire? Não faz sentido.

Na realidade há chimpanzés portadores de SIV nos Camarões, Gabão, nos 2 Congos, e na R.C.Africana. Mas todas as 4 CSTs dos HIV-1 (M, N, O, P) ocorreram nos Camarões, presumivelmente para pessoas rurais muito expostas à bushmeat (ou caçadores ou vendedoras de carne). A razão por que aconteceram 4 CSTs nos Camarões e nenhuma (que seja conhecida) nos outros países em que há chimps portadores não é clara, mas pode ser porque nos Camarões a intensidade de caça a chimps era maior.

Agora, uma coisa é o local onde ocorre uma CST -- isso sabe-se pelas tais análises às fezes de chimps nas florestas. Outra coisa é o local onde o resultante vírus humano começa a dar os primeiros passos na população humana. Os dois locais podem diferir, porque um humano pode ter transportado o vírus do 1º para o 2º local, e depois a proliferação em humanos ser só forte a partir do 2º local.

Para ilustrar isto com o SARS-CoV-2, notar que a sua expansão inicial ocorreu em Wuhan na China, mas ele pode ter começado numa aldeia que até pode ter sido longe de Wuhan e aí ter infectado só 3 ou 4 pessoas, e depois 1 das pessoas tê-lo levado para Wuhan, e as 3 ou 4 infecções da aldeia nunca virem a ser detectadas ou conhecidas.

Voltando ao HIV, a versão pandémica (grupo M) teve a sua CST nas florestas do sudeste dos Camarões de certeza quase absoluta -- isso vê-se pelas análises dos SIV, vê os locais MB e LB no mapa e na árvore filogenética acima. Mas a proliferação inicial mais forte, aquela que pode ser detectada por análise filogenética de estirpes de humanos, ocorreu na cidade de Leopoldville, capital do Congo Belga (hoje chama-se Kinshasa). Isso pode-se saber pelo estudo de Nuno Faria na Science (que eu também postei lá atrás). A forma de o determinar foi uma análise filogeográfica (infere-se os locais de ramos antigos de uma árvore filogenética). O Nuno Faria e o Philippe Lemey são dos maiores especialistas mundiais deste tipo de análise.

[Bs]

Depois da transmissão de animais para humanos, como é que o virus infecta uma pessoa?
Pergunto isto embora saiba que a transmissão é mais por via sexual. Mas porquê?
O que questiono é, este virus nos humanos reside onde? No sangue, em fluidos?
Por exemplo, por saliva, não é transmissivel (dizem). Mas por via sexual pode ser. Não sei bem o termo a usar mas, quais são os fluidos com que o virus tem mais afinidade? E porque predomina mais na comunidade gay?
Quem está exposto á bushmeat em Africa, é infectado por comer essa carne ( crua?) ou só por manusea-la pode ser infectado?
Obrigado

[Counter Retail Trader]

o esforço cientifico é notável. há que descartar uma origem natural antes de qq teoria da conspiração. mas... então os chimpanzés estão nos camarões e a coisa propaga-se no zaire? Não faz sentido.

Na realidade há chimpanzés portadores de SIV nos Camarões, Gabão, nos 2 Congos, e na R.C.Africana. Mas todas as 4 CSTs dos HIV-1 (M, N, O, P) ocorreram nos Camarões, presumivelmente para pessoas rurais muito expostas à bushmeat (ou caçadores ou vendedoras de carne). A razão por que aconteceram 4 CSTs nos Camarões e nenhuma (que seja conhecida) nos outros países em que há chimps portadores não é clara, mas pode ser porque nos Camarões a intensidade de caça a chimps era maior.

Agora, uma coisa é o local onde ocorre uma CST -- isso sabe-se pelas tais análises às fezes de chimps nas florestas. Outra coisa é o local onde o resultante vírus humano começa a dar os primeiros passos na população humana. Os dois locais podem diferir, porque um humano pode ter transportado o vírus do 1º para o 2º local, e depois a proliferação em humanos ser só forte a partir do 2º local.

Para ilustrar isto com o SARS-CoV-2, notar que a sua expansão inicial ocorreu em Wuhan na China, mas ele pode ter começado numa aldeia que até pode ter sido longe de Wuhan e aí ter infectado só 3 ou 4 pessoas, e depois 1 das pessoas tê-lo levado para Wuhan, e as 3 ou 4 infecções da aldeia nunca virem a ser detectadas ou conhecidas.

Voltando ao HIV, a versão pandémica (grupo M) teve a sua CST nas florestas do sudeste dos Camarões de certeza quase absoluta -- isso vê-se pelas análises dos SIV, vê os locais MB e LB no mapa e na árvore filogenética acima. Mas a proliferação inicial mais forte, aquela que pode ser detectada por análise filogenética de estirpes de humanos, ocorreu na cidade de Leopoldville, capital do Congo Belga (hoje chama-se Kinshasa). Isso pode-se saber pelo estudo de Nuno Faria na Science (que eu também postei lá atrás). A forma de o determinar foi uma análise filogeográfica (infere-se os locais de ramos antigos de uma árvore filogenética). O Nuno Faria e o Philippe Lemey são dos maiores especialistas mundiais deste tipo de análise.

o teu parecer (ou de alguem) relativamente á gripe Suina e das aves

[Smog]

o esforço cientifico é notável. há que descartar uma origem natural antes de qq teoria da conspiração. mas... então os chimpanzés estão nos camarões e a coisa propaga-se no zaire? Não faz sentido.

Na realidade há chimpanzés portadores de SIV nos Camarões, Gabão, nos 2 Congos, e na R.C.Africana. Mas todas as 4 CSTs dos HIV-1 (M, N, O, P) ocorreram nos Camarões, presumivelmente para pessoas rurais muito expostas à bushmeat (ou caçadores ou vendedoras de carne). A razão por que aconteceram 4 CSTs nos Camarões e nenhuma (que seja conhecida) nos outros países em que há chimps portadores não é clara, mas pode ser porque nos Camarões a intensidade de caça a chimps era maior.

Agora, uma coisa é o local onde ocorre uma CST -- isso sabe-se pelas tais análises às fezes de chimps nas florestas. Outra coisa é o local onde o resultante vírus humano começa a dar os primeiros passos na população humana. Os dois locais podem diferir, porque um humano pode ter transportado o vírus do 1º para o 2º local, e depois a proliferação em humanos ser só forte a partir do 2º local.

Para ilustrar isto com o SARS-CoV-2, notar que a sua expansão inicial ocorreu em Wuhan na China, mas ele pode ter começado numa aldeia que até pode ter sido longe de Wuhan e aí ter infectado só 3 ou 4 pessoas, e depois 1 das pessoas tê-lo levado para Wuhan, e as 3 ou 4 infecções da aldeia nunca virem a ser detectadas ou conhecidas.

Voltando ao HIV, a versão pandémica (grupo M) teve a sua CST nas florestas do sudeste dos Camarões de certeza quase absoluta -- isso vê-se pelas análises dos SIV, vê os locais MB e LB no mapa e na árvore filogenética acima. Mas a proliferação inicial mais forte, aquela que pode ser detectada por análise filogenética de estirpes de humanos, ocorreu na cidade de Leopoldville, capital do Congo Belga (hoje chama-se Kinshasa). Isso pode-se saber pelo estudo de Nuno Faria na Science (que eu também postei lá atrás). A forma de o determinar foi uma análise filogeográfica (infere-se os locais de ramos antigos de uma árvore filogenética). O Nuno Faria e o Philippe Lemey são dos maiores especialistas mundiais deste tipo de análise.

Como se deu a mutação (?) para a estirpe pandémica? Está confirmado que foi natural?

[Kin2010]

Depois da transmissão de animais para humanos, como é que o virus infecta uma pessoa?
Pergunto isto embora saiba que a transmissão é mais por via sexual. Mas porquê?
O que questiono é, este virus nos humanos reside onde? No sangue, em fluidos?
Por exemplo, por saliva, não é transmissivel (dizem). Mas por via sexual pode ser. Não sei bem o termo a usar mas, quais são os fluidos com que o virus tem mais afinidade? E porque predomina mais na comunidade gay?
Quem está exposto á bushmeat em Africa, é infectado por comer essa carne ( crua?) ou só por manusea-la pode ser infectado?
Obrigado

Depois de ser transmitido para humanos, ele adquiriu adaptação ao organismo humano, e isso permite-lhe manter cargas virais elevadas durante 10 anos. O vírus está muito presente no sangue, no sémen, e nos fluidos vaginais, o que explica que se transmita por via sexual ou injecções não esterilizadas (caso dos drogados intravenosos (IVDUs) e às vezes em instalações de saúde). Na saliva está ausente.

A transmissão é mais por via sexual, porque os eventos em que o sangue de alguém entra na corrente sanguínea de outra pessoa são raros. No caso dos IVDUs é ao contrário, a infecção é predominantemente transmitida por partilha de seringas.

No Ocidente, predomina mais na comunidade gay porque os gays têm mais parceiros sexuais que os heterossexuais, mas também porque as suas práticas aumentam o risco de transmissão.

Quem está exposto à bushmeat é infectado sobretudo por receber arranhões ou mordidas do animal ainda vivo durante a caça, ou (mais importante) de se cortar enquanto está a cortar a carne crua num mercado. A simples ingestão de carne cozinhada provavelmente tem risco nulo.

Mas a transmissão animal -> humano quase sempre gera uma infecção de SIV transiente, que dura poucas semanas só, sem o vírus se adaptar e sem gerar infecções secundárias. Esses casos são provados por testes de anticorpos. Provavelmente foram precisas milhares de infecções "dead end" dessas para haver umas poucas em que o vírus se adaptou e gerou aquelas 5 estirpes epidémicas conhecidas (HIV-1 grupos M, N, O e HIV-2 grupos A e B).

[Kin2010]

Sobre a exposição ao SIV, atestada por respostas serológicas a uma bateria de SIVs e a sua relação com a bushmeat, vejam o gráfico abaixo. A proporção de pessoas SIV+ era >> nos muito expostos do que nos moderadamente expostos e nos não expostos. Estudo feito nos Camarões.

[Kin2010]

o esforço cientifico é notável. há que descartar uma origem natural antes de qq teoria da conspiração. mas... então os chimpanzés estão nos camarões e a coisa propaga-se no zaire? Não faz sentido.

Na realidade há chimpanzés portadores de SIV nos Camarões, Gabão, nos 2 Congos, e na R.C.Africana. Mas todas as 4 CSTs dos HIV-1 (M, N, O, P) ocorreram nos Camarões, presumivelmente para pessoas rurais muito expostas à bushmeat (ou caçadores ou vendedoras de carne). A razão por que aconteceram 4 CSTs nos Camarões e nenhuma (que seja conhecida) nos outros países em que há chimps portadores não é clara, mas pode ser porque nos Camarões a intensidade de caça a chimps era maior.

Agora, uma coisa é o local onde ocorre uma CST -- isso sabe-se pelas tais análises às fezes de chimps nas florestas. Outra coisa é o local onde o resultante vírus humano começa a dar os primeiros passos na população humana. Os dois locais podem diferir, porque um humano pode ter transportado o vírus do 1º para o 2º local, e depois a proliferação em humanos ser só forte a partir do 2º local.

Para ilustrar isto com o SARS-CoV-2, notar que a sua expansão inicial ocorreu em Wuhan na China, mas ele pode ter começado numa aldeia que até pode ter sido longe de Wuhan e aí ter infectado só 3 ou 4 pessoas, e depois 1 das pessoas tê-lo levado para Wuhan, e as 3 ou 4 infecções da aldeia nunca virem a ser detectadas ou conhecidas.

Voltando ao HIV, a versão pandémica (grupo M) teve a sua CST nas florestas do sudeste dos Camarões de certeza quase absoluta -- isso vê-se pelas análises dos SIV, vê os locais MB e LB no mapa e na árvore filogenética acima. Mas a proliferação inicial mais forte, aquela que pode ser detectada por análise filogenética de estirpes de humanos, ocorreu na cidade de Leopoldville, capital do Congo Belga (hoje chama-se Kinshasa). Isso pode-se saber pelo estudo de Nuno Faria na Science (que eu também postei lá atrás). A forma de o determinar foi uma análise filogeográfica (infere-se os locais de ramos antigos de uma árvore filogenética). O Nuno Faria e o Philippe Lemey são dos maiores especialistas mundiais deste tipo de análise.

Como se deu a mutação (?) para a estirpe pandémica? Está confirmado que foi natural?

A estirpe pandémica é o HIV-1 grupo M. Está demonstrado que tem mutações que o tornam mais adaptado a humanos.  Como é que elas apareceram? Um vírus está sempre a ter mutações, a grande maioria deletérias, mas se uma delas for vantajosa, esse vírus replica-se mais no hospedeiro, é a "intra-host selection" (embora isso só não garanta que a mutação também contribua para a transmissão entre hospedeiros). Para o HIV-1 grupo M ter sucesso ele teve que ter mutações que o tornaram bom em tudo: 1) bom a entrar nas células -- essa parte, no caso do HIV-1 foi fácil, pois o SIVcpz também entra bem nas células humanas, pois explora os receptores CD4 e CCR5, e estes são parecidos em humanos e chimpanzés. Mas teve que ser bom também em 2): evadir as respostas imunitárias; 3) manter carga viral alta durante anos; 4) manter carga viral alta nos fluidos sexuais para ter hipóteses de se transmitir; 5) não matar o hospedeiro cedo demais.

Isto tudo, à partida, era improvável, mas como há milhares de casos de infecções de SIVs em humanos (vê o post anterior) numa pequena minoria eles vão ter mais chances. Mesmo assim, o processo deve ter necessitado de outros mecanismos como a serial transmission. Esta vou desenvolvê-la no post a seguir, e aí respondo à tua segunda questão.


 

[Kin2010]

Neste processo, chamado Serial Passage ou Serial Transmission, um vírus de uma espécie é inoculado noutra espécie (humano) à qual não está adaptado. Os diagramas a vermelho indicam a sua carga viral ao longo do tempo. Em A), a situação mais comum, o vírus só subsiste durante a Acute Infection (~2 semanas) e quase desaparece a seguir, não se adaptou. Aconteceu milhares de vezes.

Em B), ele teve a sorte de saltar para um 2º humano a partir do 1º durante a Acute Infection; depois teve idêntica sorte a saltar para o 3º, e depois para o 4º. Nessas sucessivas transmissões ou "passagens" ele começa num certo hospedeiro já com algumas mutações favoráveis que adquiriu no anterior, e assim vai-se adaptando cumulativamente (podes ver que, no 4º infectado, o vírus já aguenta carga viral alta durante muito tempo). Assim, ao fim de 3 ou 4 passagens, pode ficar muito adaptado. No caso do SIV isto foi experimentado em laboratório. Ao fim de 3 passagens, um SIV de uma espécie de macaco aumentou a carga viral 1000 X na nova espécie e não o conseguia sem essas 3 passagens.

Também se experimentou este processo com o H5N1 em ferrets.

Este mecanismo pode ser usado em lab, mas não há razão para crer que não possa ocorrer naturalmente também. Isto originou 2 diferentes hipóteses principais para a Origem do HIV (ambas baseadas no mecanismo abaixo).