Creio que uma sociedade unipessoal só pode mesmo ter um sócio, mas essa sociedade é apenas um caso específico de uma sociedade limitada por quotas, pelo que as regras e modo de operação deverão ser muito semelhantes.
Eu estive (e estou) numa situação muito semelhante à tua. Quando me voltei a basear em Portugal tive as mesmas questões e consultei alguns escritórios de contabilidade sobre o assunto. Acabei por optar pela modalidade trabalhador independentemente (TI) em regime simplificado. Nenhuma das contas que fiz batia os 25% de despesas assumidas. Entretanto isso mudou e poderá deixar de ser compensador.
Depende muito dos valores em causa. Por exemplo, 25% de 100k são 25k de despesas assumidas, o que, para prestação de serviços de colarinho branco, é inalcançável. As novas regras têm um desmultiplicador, segundo consegui perceber - mas não encontro nada claro sobre isso - de 15% de despesas reais para 25% de assumidas, e foi dado a entender que existia um sentido lato nas despesas aceites, via e-fatura.
O modelo unipessoal (UNIP) deixou-me desiludido em alguns pontos. Para já, como dizes e bem, há a diferença entre estar ou não em transparência fiscal.
Quando em transparência fiscal corresponde praticamente a um TI com contabilidade organizada. Há uma diferença que pode ser significativa: segurança social. Os TIs são tributados por escalões calculados com base no rendimento anual (também isto mudará a partir do próximo ano). No caso UNIP a segurança social seria 11+23,75 do salário pago ao gerente. Aos lucros apurados e declarados no anexo D da transparência fiscal creio que não é aplicada seg. social. Aqui haveria menos contribuições no caso UNIP.
Escapando à transparência fiscal aplica-se o IRC + derramas aos lucros da empresa. O IRC começa com 17% até 15k passando depois a 21%, a derrama será 1,5%. Mais uma vez a dimensão dos lucros interessa. No caso clássico de pagar um salário baixo ao gerente e deixar a maior parte do rendimento sujeito a IRC, fica-se com muito capital na propriedade da empresa. Esse só pode ser gasto em despesas da empresa. A melhor forma de passá-lo para a esfera particular do gerente creio ser por distribuição de dividendos. Nestes casos creio só se ter a pagar metade dos 28%. Isto resulta, mais coisa menos coisa, em cerca de 33% de impostos sobre os lucros, costa a costa, i.e desde a empresa até à esfera particular.
Transversal aos modelos de empresa são as despesas que se podem considerar para apuramento dos lucros. Aquela velha regra de enfiar tudo na empresa já não é (legalmente) possível. Muitas despesas têm tributação autónoma, em alguns casos tão alta que são prejudiciais fiscalmente (e.g compra de automóveis).
Outra coisa que me desagrada na empresa é a dupla personalidade existente: somos uma espécie de Dr Jekyll and Hyde fiscal. Por exemplo, falaste no teu apartamento poder ser sede e eventualmente, tu particular, alugá-lo à tua empresa. É possível, só que depois na esfera particular tens que declarar e pagar sobre os rendimentos prediais obtidos. Ou seja, uma despesa da empresa é "compensada" com um rendimento do particular (tributado em IRS). O mesmo se aplica a seguros ou outras benesses que a empresa queira dar ao funcionário. As formas de aumentar despesas passam pelas que falaste, refeições, deslocações, representação - e mesmo aqui há tributação autónoma.
Também importante é o agregado familiar em que se está inserido. Pode interessar puxar mais rendimentos para o IRS se o outro conjugue tiver rendimentos inferiores.
Enfim, resumindo, é fazer as contas
sendo que o principal factor a ter em consideração é o volume do rendimento (próprio e do agregado) e o nível de despesas reais que se fazem.
