A coexistência de nomes é permitida desde que não haja possibilidade de confusão. Vê o caso da Apple vs Apple (a Apple Computer vs Apple Records). Imagina que tinhas uma empresa que fabricava bancos de jardim e se chamava "NovoBanco". Não havia nenhum problema.
Além disso "Novo Banco" é diferente de "NovoBanco".
Tens também o caso da Microsoft que em Portugal esteve registada durante muitos anos como MSFT Portugal porque o nome Microsoft tinha sido registado por um cromo qualquer. Eventualmente o tal cromo vendeu o registo por uma ninharia à Microsoft porque o valor do nome era zero. As pessoas queriam era os produtos.
Repara que o nome em si não tem neste momento valor nenhum, nem vai aparecer em lado nenhum, portanto não estão a violar a tua marca comercial. A prazo eles podem decidir dar outro nome qualquer ao banco, desde que não seja BES... eu diria que provavelmente vão fazê-lo, Novo Banco não é muito apelativo...
De qualquer das formas visto que o registo é barato parece-me um bom investimento. Agora só falta teres a sorte do teu lado