Esse artigo está uma bela trampa para interpretar mais valias. Está orientado para quem receba algo numa determinada data e esquecem-se que as mais valias têm duas (ou mais) datas diferentes.
Eu, pessoalmente, como a IB já tem aquilo convertido para EUR, uso o que eles têm no report por uma questão de facilidade.
Não sei como é que os IFs em Portugal fazem se a cotação for em USD. Presumo que convertam a compra à data da compra e a venda à data da venda. Digo isto porque os IFs têm de reportar na modelo 13 a compra no ano em que ela ocorre. O que não sei é se reportam usando o câmbio à data de compra ou a 31 de Dezembro (para ser correcto devia ser à data da compra).
Se usassem o câmbio da compra e da venda à data de 31 de Dezembro, então teriam também de indicar qual o ganho/perda cambial, conforme referes. Confusão do caneco para quem tenha coisas em Portugal.
O artigo é muito genérico, é certo, mas é o unico em todo o código do IRS que fala sobre questões cambiais, por isso é que dá azo a diferentes interpretações.
Eu também uso os valores da IB que já estão convertidos para EUR, com os câmbios separados, e na prática aquilo não deve variar muito.
Mas uns negócios numa IF nacional foram feitos em USD há bastante tempo, por isso têm uma valorização cambial interessante, e olhando para o artigo acho que consigo argumentar que essa valorização não é tributada. Como disse, curiosamente, o report da IF tem separadamente valores para: "valor aquisição", "valor realização", "resultado com componente cambial" (aquisição - realização), "componente cambial" e simplesmente "resultado" (sem componente cambial). Todos os valores em EUR, convertidos à data de aquisição e realização. Mas se não existisse sequer a dúvida porque razão é que indicavam a componente cambial, incluindo até a columa "resultado" sem a variação cambial.
Acho que comcluiram que numa interpretação estrita da lei o ultimo valor é que seria o tributavel, mas como o formulário do IRS pede os valores de aquisição e realização (em EUR), incluem todos estes valores e o cliente que se entenda...