Nunca experimentei, mas o que a Shopify vende é que qualquer um consegue criar uma loja naquilo 
e a ver pela velocidade a que aquilo está a crescer deve ser verdade
Shopify eh um bocadinho limitado + o custo ... penso que uma solucao Wordpress com Woo ou Ecwid da muito mais controlo e personalizacao a loja... o gateway de pagamentos atraves da Stripe ou da Braintree (que oferece os primeiros 100 mil dolares de vendas logo sao 2-3 mil dolares poupados em comissoes) ...
Sim o woocommerce é sem dúvida a melhor alternativa ao shopify, poupas dinheiro sem dúvida, até podes meter o wordpress no openshift e não pagar alojamento até que a loja tenha imensos acessos.
Mas depois convém fazer os updates do wordpress e woocommerce, pelo menos os que resolvem problemas de segurança, para não ter problemas de segurança na loja, e isso também pode ser um custo em tempo/dinheiro sério, dependendo das componentes que se usam, e se quem desenvolveu a loja se meteu a customizar a framework então pode ser muito complicado, pode parecer estúpido e que ninguém faz isso, mas a PT tinha alguns projectos com esse problema.
Depois também convém comparar o app maker do shopify com o do woocommerce, e a shopify já está a entrar no mercado de realidade virtual
